LangDev

일명 복 받은 사람들이 되겠습니다.

이런 코스가 필요한데..

http://me2day.net/hyeshik/2010/02/20#00:56:25

첫 번째 1월 9일 10시 20분~12시 45분 •공부모임 소개 •컴퓨터 •지식의 종류 •컴퓨터의 구조 •프로그램 내장형 컴퓨터 •메모리와 프로그램 실행 •프로그래밍 언어의 분류 •문법과 의미 •타입 •프로그래밍 •파이썬 깔기 •기본 연산 •(연습) 올해 나이 구하기 •비교 •변수 •조건 분기 •(연습) 루저 가려내기

두 번째 1월 23일 10시~12시 30분 •프로그래밍 •(연습) 나이, 이름, 루저 다시 해 보기 •블럭/조건분기 •(연습) T4 PNK 반응 농도식 계산하기 •루프 •(연습) 구구단

세 번째 1월 30일 10시~12시 30분 •컴퓨터 안에서의 숫자 나라~ •정수의 2진법 표현 •정수 덧셈 •2의 보수, 정수 뺄셈 •(연습) 2의 보수를 이용한 8비트 뺄셈 계산 •고정소수점 실수 •부동소수점 실수, IEEE754 연산 주의점 •프로그래밍 •문자열 포매팅 •(연습) PCR 시뮬레이션 •리스트 타입 •반복 •문자열 메쏘드: split, strip •(연습) miRNA 이름 목록에서 miRNA*, -3p miRNA 골라내기 •문자열 메쏘드 •파일 입출력 •(연습) miRBase hairpin.fa 에서 GGAG 모티프찾기

네 번째 2월 6일 10시~12시 30분 •논리회로 (1시간 동안 할 수 있는 곳까지만) •트랜지스터 •논리 게이트 •4비트 덧셈 회로, 캐리 •(연습) 캐리 룩어헤드 회로 설계해 보기 •RS래치 •클럭과 에지 트리거 •프로그래밍할 수 있는 논리 칩 (PLA, PAL) •(연습) 앞에서 설계한 회로 PAL로 변환하기 •프로그래밍 연습 •파일 입출력 더 연습 •(연습) BanI 이어붙이기 클로닝할 수 없는 miRNA 찾기 •(연습) 앞에서 찾은 miRNA도 클로닝할 수 있는 제한효소 골라주기 •딕셔너리 타입 •딕셔너리 반복 •(연습) CDS를 아미노산 서열로 번역하기 •(연습) CDS 받아서 코돈 최적화하기 (가장 많이 쓰이는 코돈만 쓰는 방법으로)

다섯 번째 2월 20일 10시~12시 30분 •프로그래밍 연습 •(연습) 소수성 분석으로 막단백질 위상 예측하기 •(연습) 피보나치 수열 •함수와 재귀호출 •(연습) 재귀로 구현한 피보나치 수열과 팩토리얼 •(연습) 재귀호출로 구현하는 간단한 RNA 2차구조 예측

여섯 번째 2월 27일 10시~12시 30분 •자료구조와 알고리즘 •스택 •큐 •(연습) BAS 플레이트 대여 순서 시뮬레이션 (환형 큐) •복잡도 •이분검색 •(연습) 이분검색으로 알맞는 버퍼 조성 추천하기 •이진검색트리 •(연습) 유전체에 정렬된 전사체 데이터에 주석달기 (입력과 트리 만드는 부분은 간단하게 템플릿으로 주어짐)

일곱 번째 3월 6일 10시~12시 30분 •트리 •(연습) neighbor joining으로 비슷한 seed를 가진 miRNA끼리 묶기 •정렬 •버블소트 •(연습) 버블소트 •머지소트 •time 모듈 •(연습) 머지소트, 시간재서 비교하기 •(연습) 서로 다른 세포에서 공통적으로 발현되는 miRNA 찾기 •(연습) mRNA, miRNA, rRNA, tRNA 등으로 분리되어 있는 정렬되어 있는 유전체 주석 (gff) 데이터 합쳐서 하나로 만들기

여덟 번째 3월 13일 10시~12시 30분 •정규표현식 •(연습) Trypsin으로 잘리는 최대 조각수 계산하기 •기초 정규표현식 •(연습) Trypsin 연습 정규식으로 다시 풀기 •(연습) TeV protease로 잘리는지 확인하기 •텍스트 파일 파싱 •(연습) PDB 파일 읽어서 서로 가까이에 있는 시스틴 쌍 찾기

아홉 번째 3월 20일 10시~12시 30분 •테스팅, 테스트 주도 개발 •프로그래밍 연습 •(연습) 숫자 영어로 읽기 •(연습) 만년 달력 그리기 •(연습) 스크래블 풀기

열 번째 3월 20일 10시~12시 30분 •동적 프로그래밍 •동적 프로그래밍을 이용한 퍼즐 풀기 알고리즘의 예 •Smith-Waterman 서열 정렬법 •다중 중첩 리스트/뮤터블 타입과 참조 •(연습) let-7 hairpin 서열 정렬하기 •(연습) 클로닝 중 시퀀싱한 데이터에서 정렬로 변이 금방 찾아내기

열한 번째 3월 20일 10시~12시 30분 •그래프 그리기 •matplotlib의 plot함수, scatter함수 •시스템 생물학 •주요 네트워크 모티프 •기본적인 선형미분방정식 세우기 •(연습) Dicer 절단과 RISC 로딩 과정 시뮬레이션 •시간차 지연을 포함한 선형미분방정식 세우기 •(연습) 음성 자가제어 되먹임 루프(negative autoregulatory feedback loop)를 구성하는 miRNA와 단백질 의 관계 시뮬레이션

열두 번째 3월 20일 10시~12시 30분 •파일 데이터베이스 •bsddb와 shelve •바이오파이썬 •SeqIO 모듈 사용법 •(연습) Illumina FastQ 파일 읽어서 나쁜 품질 리드 모두 버리고 리드 수 세기 •Pubmed 모듈 사용법 •(연습) 유방암과 가장 자주 같이 언급되는 miRNA 찾기 (shelve로 임시 저장 사용)

열세 번째 3월 27일 10시~12시 30분 •2세대 시퀀싱 •간단한 시장 상황 •데이터 분석 측면에서의 각 플랫폼별 특성 •샘플 준비 과정에서의 편향성 •프로그래밍 연습 •(연습) 작은RNA 시퀀싱 데이터에서 21U RNA 수 세기 •(연습) 작은RNA 시퀀싱 데이터 매핑하기 (bwa사용) •(연습) 여러 군데 매핑되는 리드를 뺀 리드수 세기 •(연습) 작은RNA 시퀀싱 데이터에서 mRNA 각각의 유래 조각수 세기

열네 번째 4월 3일 10시~12시 30분 •기초생물통계 분포 •균일분포, 포아송분포, 기하분포, 정규분포, 지수분포 •(연습) TBA •기초생물통계 가설검정 (1) •p-값 •t-검정 •(연습) TUT4를 KD했을 때 가장 유의미하게 늘어나는 miRNA 찾기

열다섯 번째 4월 10일 10시~12시 30분 •기초생물통계 가설검정 (2) •Mann-Whitney U-검정 •(연습) GGAG를 포함한 miRNA의 유리딘 첨가 경향의 유의미함 검정 •데이터 교환 •csv 읽고 쓰기 •(연습) 위에서 만든 프로그램을 모든 4염기 모티프로 확장해서 엑셀로 보내기

열여섯 번째 4월 17일 10시~12시 30분 •지속가능한 프로그램 (예시와 함께) •유지 가능한 소스코드 •이름 짓기 •함수, 모듈 인터페이스 설계 •중간파일/데이터베이스 저장 •(연습) TBA 중간파일이 유용한 사례 •모듈 •파이썬 모듈의 기본 개념 •(연습) TBA •패키지 구조 •(연습) TBA - 앞에서 만든 복잡한 프로그램 중의 하나를 패키지로 조금 과도하게 분해함

열일곱 번째 4월 24일 10시~12시 30분 •기초소프트웨어공학 •요구사항 분석, 의존성 분석 •(연습) TBA •프로젝트 진행 관리, 이슈 관리 •회고 •(연습) TBA •비교유전체학 데이터 다루기 •다중 서열 정렬, 데이터 다루기 •(연습) miRNA family의 seed 보존/비보존 miRNA 찾기 (pygr 사용)

열여덟 번째 5월 1일 10시~12시 30분 자유 팀 프로젝트